Benchmarking

get_MNV incluye un binario de benchmark integrado para medir el rendimiento de la anotación de variantes.

Benchmark sintético

cargo run --release --bin bench_variants -- --warmup 5 --iters 30

Aumenta la escala del conjunto de datos sintético:

cargo run --release --bin bench_variants -- \
  --warmup 3 --iters 20 --threads 4 --synthetic-scale 4

Benchmark con conjunto de datos

Ejecútalo sobre un conjunto de datos real y exporta los resultados a CSV:

cargo run --release --bin bench_variants -- \
  --dataset example \
  --warmup 5 --iters 20 \
  --threads 4 \
  --csv benchmark.csv \
  --max-avg-ms 200

Esto añade una fila por cada ejecución a benchmark.csv.

Opciones del benchmark

Argumento	Por defecto	Descripción
--warmup <N>	5	Iteraciones de calentamiento (no se miden)
--iters <N>	30	Iteraciones medidas
--threads <N>	1	Hilos de trabajo
--dataset <DIR>	none	Ruta al directorio del conjunto de datos (FASTA + VCF + anotación)
--contig <NAME>	all	Limita la ejecución a un solo contig
--csv <FILE>	none	Añade los resultados a un CSV
--max-avg-ms <MS>	none	Falla si la media supera el umbral (detección de regresiones)
--synthetic-scale <N>	1	Factor de escala para el número sintético de genes/SNP

Scripts reproducibles

Consulta scripts/ para los ejecutores de benchmark por lotes: - scripts/run_reproducible_benchmark.sh - scripts/reproduce_example_run.sh