Ayuda
Preguntas frecuentes
¿Es get_MNV un llamador de variantes (variant caller)?
No. get_MNV anota y resume llamadas de variantes existentes (de un VCF o un TSV de iVar) frente a una referencia. No llama variantes ni ensambla lecturas: reinterpreta los alelos ya presentes en tu entrada, con conciencia de codones.
¿Qué entradas necesito?
Un FASTA de referencia, un archivo de variantes (--vcf o --tsv) y una anotación de genes (--gff o --genes). Un BAM (--bam) es opcional y solo se necesita para el soporte de lecturas y los filtros basados en lecturas. Consulta Formatos de entrada.
¿Cuándo debo usar --gff frente a --genes?
Usa --genes con un TSV sencillo de cuatro columnas (name, start, end, strand) para genes de un solo exón / procariotas. Usa --gff con un archivo GFF/GFF3 cuando necesites transcritos empalmados; añade --gff-features CDS para que los codones se construyan a partir de los segmentos CDS unidos (incluyendo codones que abarcan uniones de exones).
¿Qué --translation-table debo usar?
El valor por defecto es 11 (bacteriano), correcto para organismos como M. tuberculosis. Para el código nuclear estándar usa 1; otras tablas admitidas son 2, 3, 4, 5, 6, 12 y 25. Consulta la Referencia de la CLI.
La tabla también decide qué codones pueden empezar una proteína. En la tabla 11 empiezan una GTG, TTG, CTG, ATT, ATC y ATA además de ATG, tal como los lista el NCBI, y el primer codón de un gen se lee como metionina cuando es uno de ellos, así que un gen que empieza por GTG se anota desde Met1, no desde Val1.
¿Por qué dos de mis SNP se convirtieron en un MNV?
Cuando dos o más SNV caen en el mismo codón, el efecto sobre el aminoácido depende del codón combinado, no de los cambios individuales. get_MNV los agrupa e informa una fila MNV (o SNP/MNV) con el codón y el aminoácido reales. Consulta Alcance y compatibilidad.
¿Necesito un BAM?
Solo si quieres soporte de lecturas. Sin --bam igual obtienes la anotación completa de codones/MNV e indels; con él también obtienes conteos de lecturas por evento, frecuencias y métricas de hebra, y puedes aplicar filtros basados en lecturas.
¿Por qué las frecuencias son distintas de las de mi VCF de entrada?
Los filtros basados en lecturas y el soporte informado se recalculan a partir de --bam, no se toman de los OFREQ/ODP originales. Esto refleja lo que las lecturas muestran realmente para cada SNV, haplotipo MNV y evento indel.
¿Puedo usar un archivo BCF como entrada?
Sí, desde la 1.1.6: pásalo a --vcf como cualquier VCF. Se decodifica a texto VCF a medida que se lee, así que se anota exactamente igual que el VCF que codifica. Las versiones anteriores necesitan convertirlo antes con bcftools view input.bcf -O v -o input.vcf.
Mi VCF tiene registros multialélicos: ¿qué ocurre?
get_MNV divide cada registro en alelos ALT independientes, con una fila anotada por ALT, que es la misma salida que da bcftools norm -m -. Antes de la 1.1.6 la ejecución se detenía salvo que se pasara --split-multiallelic; la opción se sigue aceptando y no cambia nada.
¿Se admiten indels?
Sí. get_MNV descompone los alelos REF/ALT en componentes SNV, MNV, inserción, deleción, delins y complejo, informa su efecto a nivel de proteína cuando se solapan con una característica codificante y (con --bam) cuenta el soporte exacto del evento indel. Con --left-align además alinea a la izquierda cada indel sobre la referencia, como hace bcftools norm -f ref.fa, que es lo que necesita un indel en un homopolímero o una repetición para encontrar sus lecturas cuando la entrada lo escribió en otro sitio que el alineador. --normalize-alleles solo recorta el contexto compartido y nunca mueve un indel.
¿Y las variantes intergénicas?
Se incluyen por defecto y se etiquetan como intergenic. Usa --exclude-intergenic para descartar variantes fuera de los genes anotados.
¿Dónde va la salida?
Por defecto get_MNV escribe <input_name>.MNV.tsv en el directorio de trabajo actual, no junto a la entrada. Usa --convert para VCF, --both para ambos, y las opciones de salida relacionadas en la Referencia de la CLI.
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Tu pregunta no está aquí
Pregúntala en Q&A. Las preguntas sobre por qué una variante salió anotada de una forma concreta son bienvenidas ahí, y se responden mucho mejor con el registro y el comando que la produjeron.