Cómo funciona
Benchmarking
get_MNV incluye un binario de benchmark integrado para medir el rendimiento de la anotación de variantes.
Benchmark sintético
cargo run --release --bin bench_variants -- --warmup 5 --iters 30Aumenta la escala del conjunto de datos sintético:
cargo run --release --bin bench_variants -- \
--warmup 3 --iters 20 --threads 4 --synthetic-scale 4Benchmark con conjunto de datos
Ejecútalo sobre un conjunto de datos real y exporta los resultados a CSV:
cargo run --release --bin bench_variants -- \
--dataset example \
--warmup 5 --iters 20 \
--threads 4 \
--csv benchmark.csv \
--max-avg-ms 200Esto añade una fila por cada ejecución a benchmark.csv.
Opciones del benchmark
| Argumento | Por defecto | Descripción |
|---|---|---|
--warmup <N> | 5 | Iteraciones de calentamiento (no se miden) |
--iters <N> | 30 | Iteraciones medidas |
--threads <N> | 1 | Hilos de trabajo |
--dataset <DIR> | none | Ruta al directorio del conjunto de datos (FASTA + VCF + anotación) |
--contig <NAME> | all | Limita la ejecución a un solo contig |
--csv <FILE> | none | Añade los resultados a un CSV |
--max-avg-ms <MS> | none | Falla si la media supera el umbral (detección de regresiones) |
--synthetic-scale <N> | 1 | Factor de escala para el número sintético de genes/SNP |
Scripts reproducibles
Consulta scripts/ para los ejecutores de benchmark por lotes:
scripts/run_reproducible_benchmark.shscripts/reproduce_example_run.sh